TRẦN ĐĂNG HƯNG

 

Giảng viên,

Khoa Công nghệ thông tin (FIT)

và Trung tâm khoa học tính toán (CCS),

Trường Đại học Sư phạm Hà Nội (HNUE)

 

Tốt nghiệp Khoa Toán-Tin tại trường Đại học Sư phạm Hà Nội năm 2001; tốt nghiệp thạc sĩ ngành Khoa học máy tính tại Trường đại học Công nghệ, ĐHQGHN năm 2006; tốt nghiệp Tiến sĩ chuyên ngành Tin-sinh học năm 2009 tại Viện khoa học và công nghệ tiên tiến Nhật Bản. Được phong PGS ngành Công nghệ thông tin năm 2016.

 

Thông tin cá nhân

Họ tên: Trần Đăng Hưng

Ngày sinh: 10-6-1979.

Nơi sinh: Xuân trường, Nghi xuân, Hà tĩnh.


 

Địa chỉ:        136, Xuân Thủy, Cầu Giấy, Hà Nội

Email:          hungtd@hnue.edu.vn  

Homepage:   http://fit.hnue.edu.vn/~hungtd

 


 

 

 

Các hướng nghiên cứu chính

 

 

·       MicroRNAs and microRNA target genes in human genome

·       Epigenetics (histone modifications, DNA methylation)

·       Gene regulatory network

·       Machine learning methods

·       Software Engineering

 

 

 

Bài giảng

 

 

2019: Học máy (webiste)

2019: Lập trình Python (website)

 

 

2018: Khai phá dữ liệu (website)

 

 

 

Nghiên cứu sinh

1. Giang Thành Trung (ĐHCN, 2014)

2. Nguyễn Văn Tỉnh (ĐHSPHN, 2020)

 

 

 

Các bài báo đă đăng

 

 

Bài báo trên tạp chí/hội nghị quốc tế:

1.     Giang T.T., Nguyen T.P., Tran D.H. (2020) Stratifying Patients Using Multiple Kernel Learning Framework: Case studies of Alzheimer’s Disease and Cancers, submitted to BMC Medical Informatics and Decision Making (ISI, Q1).

2.     Nguyen T.Q.V, Le V.K., Tran T.N., Tran D.H., Prasad C., Abeer A., Pham D.T.H. (2020) A new solution for asynchronous incremental maintenance of materialized views,  Journal of Enterprise Technologies, VOL 1, NO 2 (103), pp: 6-13 (SCOPUS, Q3).

3.     Thai T.V., Bui D.H., Dang X.T., Tran D.H., Luong T.D. (2020) A New Computational Method Based on Heterogeneous Network for Predicting miRNA-disease Associations, The 2020 International Conference on Artificial Intelligence and Computational Intelligence, Springer, 205-219.

4.     Dang X.T., Bui D.H., Nguyen T.H., Nguyen T.Q.V, Tran D.H. (2019) Prediction of Autism-Related Genes Using a New Clustering-Based Under-Sampling Method, KSE2019, IEEE, 209-214.

5.     Huynh V.-N., Inuiguchi M., Tran D.H., Denoeux T. (Eds.) Integrated Uncertainty in Knowledge Modelling and Decision Making - 6th International Symposium, IUKM 2018, Hanoi, Vietnam, March 15-17, 2018, Proceedings. Lecture Notes in Computer Science 10758, Springer 2018, ISBN 978-3-319-75428-4 [link].

6.     Giang T.T., Nguyen T.P., Nguyen T.Q.V., Tran D.H. (2018)  fMKL-DR: A Fast Multiple Kernel Learning Framework with Dimensionality Reduction, IUKM2018, LNAI, Springer, 153-165.

7.     Giang T.T., Nguyen T.P., and Tran D.H. (2017) Stratifying Cancer Patients based on Multiple Kernel Learning and Dimensionality Reduction,  9th International Conference on Knowledge and Systems Engineering, pp.106-111, IEEE.. 

8.     Dang X.T., Tran D.H., Hirose O. and Satou K. (2015) SPY: a novel resampling method for improving classification performance in imbalanced data, 7th International Conference on Knowledge and Systems Engineering, October 8-10, 280-285, IEEE.

9.     Le N.T., Ho T.B., Ho B.H. and Tran D.H. (2014) A nucleosomal approach to inferring causal relationships of histone modification, BMC Genomics, 15(Suppl 1):S7 (ISI, Q1).

10.  Huynh V.-N., Denoeux T., Tran D.H., Le A.C., Pham S.B. (Eds.), Knowledge and Systems Engineering – Proceedings of The Fifth International Conference KSE 2013, Volumes I and II, Advances in Intelligent and Soft Computing 244–245, Springer-Verlag, 2013.

11.  Tran D.H., Nguyen T.P., Caberlotto L., and Priami C. (2013) Inference of autism-causing genes by integrating protein-protein interactions and miRNA-target interactions, 5th International Conference on Knowledge and Systems Engineering, October 17-19, Springer.

12.  Luong T.D., Tran D.H., and Tran D.S. (2013) Privacy Preserving Frequency-based Learning Algorithms in Two-Part Partitioned Record Model, 5th International Conference on Knowledge and Systems Engineering, October 17-19, Springer.  

13.  Luong T.D., Tran D.H. (2013) A New Method of Privacy Preserving Computation over 2-Part Fully Distributed Data, 9th International Conference on Computing and Information Technology, Thailand, May 9-10, Springer.

14.  Nguyen Q.D., Pham T.H., Ho T.B., Nguyen V.H, Tran D.H. (2013) Reconstruction of Triple-wise Relationships in Biological Networks from Profiling Data, 9th International Conference on Computing and Information Technology, Thailand, May 9-10, Springer.

15.  Nguyen M.Q., Tran D.H. (2012). Using Example-based Machine Translation for English – Vietnamese Translation, 8th International Conference on Computing and Information Technology, Thailand, May 9-10, 2012.

16.  Pham,T.H., Ho, T.B., Nguyen, Q.D., Nguyen, V.H., Tran, D.H. (2012). Multivariate Mutual Information Measures for Discovering Biological Networks, IEEE RIVF International Conference on Information and Communication Technologies, Ho Chi Minh City, February 27-March 2, 2012.

17.  Tran, D.H., Ho, T.B., Pham, T.H., Satou, K. (2011). microRNA Expression profiles for classification and analysis of tumor samples, IEICE Trans. Information Systems, Vol.E94-D, No.3, pp: 416-422 (ISI, Q3).

18.  Tran, D.H., Satou, K., Ho, T.B., Pham, T.H. (2010). Computational Discovery of miR-TF Regulatory Modules in Human Genome, Bioinformation, 4(8), 371-377.

19.  Le, N.T., Ho, T.B., Tran, D.H. (2009). Characterizing nucleosome dynamics from genomic and epigenetic information using rule induction learning, BMC Genomics, 10(Suppl 3):S27 (ISI, Q1).

20.  Ho, T.B., Takabayashi, K., Pham, T.H. , Nguyen, T.P., Kawasaki, S., Tran, D.H. (2009). Towards service-oriented knowledge discovery in biomedicine research, International Workshop on Third Generation Data Mining, ECML/PKDD 2009, 7-11 September, Slovenia.

21.  Le, N.T., Tran, D.H., Ho, T.B. (2008). Combinatorial effects of histone modifications and DNA sequences on nucleosome dynamics, Workshop on Knowledge, Language, and Learning in Bioinformatics (KLLBI 2008), in conjunction with Tenth Pacific Rim International Conference on Artificial Intelligence (PRICAI-08), December 16-19, Hanoi.

22.   Tran, D.H., Ho, T.B., Satou, K., Pham, T.H. (2008). A computational method for classifying and analyzing tumor samples using microRNA expression profiles, 3rd International Conference on Knowledge, Information and Creativity Support Systems (KICSS 2008), December 22-23, Hanoi.

23.  Tran, D.H., Satou, K., Ho, T.B. (2008). Finding MicroRNA Regulatory Modules in Human Genome Using Rule Induction, BMC Bioinformatics, 9(Suppl 12):S5 (ISI, Q1).

24.  Tran, D.H., Pham, T.H., Satou, K., Ho, T.B. (2008). Prediction of Human MicroRNA Hairpin Using Only Positive Sample Learning, Journal of Biomedical Science and Engineering (JBiSE), Vol. 1(2), 141-146, Scientific Research Publishing.

25.  Tran, D.H., Satou, K., Ho, T.B. (2008). Finding microRNA-mRNA modules based on rule induction, The 12th Annual International Conference o Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2008), Singapore, P134 (poster section).

26.  Tran, D.H., Pham T.H., Satou, K., Ho, T.B. (2008). Prediction of microRNA Hairpins using One-Class Support Vector Machines, The 2nd International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (ICBBE2008), Sanghai, 33-36, IEEE Xplore.

27.  Pham, T.H., Ho, T.B., Tran, D.H., Satou, K. (2007). Prediction of Histone Modifications in DNA Sequences, IEEE 7th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2007), Cambridge-Boston, Massachusetts, October 14-17, 959-966.

28.   Tran, D.H., Pham, T.H., Satou, K., Ho, T.B. (2006). Conditional Random Fields for Predicting and Analyzing Histone Occupancy, Acetylation and Methylation Areas in DNA Sequences, 4th European Workshop on Evolutionary Computation and Machine Learning in Bioinformatics (EvoBIO 2006), Budapest, 10-12 April, Lecture Notes in Computer Science, LNCS 3907, Springer, 221-230.

  1. Pham, T.H., Tran, D.H., Ho, T.B., Satou, K., Valiente, G. (2005). Qualitatively Predicting Acetylation and Methylation Areas in DNA Sequences, Genome Informatics 2005, Yokohama, Universal Academic Press, Vol. 15, No. 2.

Bài báo trên tạp chí/hội nghị quốc gia:

26.           Nguyen L., Trinh X.T., Trinh H., Tran D.H., Nguyen C. (2018) BWTaligner: a genome short-read aligner, Vietnam Journal of Science, Technology and Engineering, vol.60, num. 2, pp. 73-77, ISSN 2525-2461.

27.           Phan T.T., Nguyen T.L., Nguyen D.C., Tran D.H. (2016), MODE: Hướng tiếp cận mới cho việc thực thi luồng dữ liệu, Tạp chí Khoa học Công nghệ Thông tin và Truyền thông, Học viện CNBCVT (Accepted).

28.           Nguyễn Đ.H, Trương T.T., Trần Đ.H. (2015), Dự đoán mối quan hệ giữa miRNAs và bệnh bằng phương pháp RWRs, Tạp chí Khoa học ĐHSPHN, 7A, 10-20.

29.           Lê T.H., Thái T.V., Trần Đ.H. (2015), Một phương pháp dự đoán gen gây bệnh sử dụng dữ liệu chưa có nhăn, Tạp chí Khoa học ĐHSPHN, 7A, 61-69. 

30.           Nguyễn V.T., Đỗ V.D, Trần Đ.H (2013), Một thuật toán t́m các Biclusters trong dữ liệu biểu diễn gien theo thời gian dựa trên cây hậu tố, Tạp chí Khoa học ĐHSPHN, 56, 47-59.

31.           Luong T.D., Ho T.B., Tran D.H. (2012) Enhancing Privacy for Frequent Itemset Mining in Vertically Distributed Data, Tạp chí Bưu chính viễn thông, Volume E-2, No.5(9), 25-38.

32.           Giang T.T, Trần Đ.H. (2012) Một thuật toán khai phá đồ thị con phổ biến trong dữ liệu đồ thị, Tạp chí Khoa học ĐHSPHN, 3, 17-30.

33.           Đỗ V.D, Trần Đ.H., Nguyễn Q.D., Phạm T.H. (2012) Phân tích dữ liệu biểu hiện gien bằng các thuật toán biclustering, Tạp chí Khoa học ĐHSPHN, 3, 3-16.

34.           Nguyen, Q.D., Pham, T.H., Ho, T.B., Tran, D.H., Pham,Q.T. (2011). Computational Reconstruction of Metabolic Networks, Tin học và Điểu khiển, Vol. 27, No.1, 23-35.

35.           Nguyễn Q.D., Trần Đ.H., Trần T.T.B., Phạm T.H. (2011). Dự đoán chức năng protein bằng phương pháp phân cụm dữ liệu, Đặc san CNTT, Tạp chí Khoa học ĐHSPHN, 56, 3-16.

36.           Nguyễn Q.D., Phạm T.H., Nguyễn T.S., Trần Đ.H. (2011). Một đề xuất mở rộng mutual information cho trường hợp 3 biến, Đặc san CNTT, Tạp chí Khoa học ĐHSPHN, 56, 17-28.

37.           Nguyễn Q.D., Phạm T.H., Hồ T.B., Nguyễn T.S., Trần Đ.H. (2011) Mở rộng và biểu diễn trực quan độ đo Mutual Information cho nhiều biến, Kỷ yếu FAIR 2011, Biên Ḥa, Đồng Nai.

38.           Trần T.B.P, Nguyễn V.H, Trần Đ.H (2013), Một phương pháp phân tích mạng tương tác Protein để dự đoán gien gây bệnh ung thư, Tạp chí Khoa học ĐHSPHN, 56, 38-46.

 

 

 

 

 

 

 

 

Một số link hay dùng

 

 

Research news:

Bioinformatics  |  BMC Bioinformatics  | PLoS | Genome Research |

KDnuggets

  |  Cell  | RNA |

 

Search:

Google  |  YahooYoutube  | Answers |

 

News:

VNN  |  BBC  |  CNN  |  JTO  |